以下實驗，構建穩定細胞株而不是瞬時轉染更能滿足實驗要求：

　　1)外源片段在分裂細胞中長期(>2周)穩定表達。雖然普通轉染實驗一般只能保證2-4天的轉染和表達效率，但腺病毒載體在多數分裂細胞中可以維持2-4周內的高轉染效率和表達周期。而非分裂細胞，可以使用腺相關病毒載體轉導外源基因，因為腺相關病毒載體在許多非分裂細胞中可以保持長達1年的高效表達。

　　2)需要構建使用誘導表達系統，這主要是由于：

　　a)過表達基因或者干擾目的基因引起細胞毒性或者抑制細胞生長等不利因素;

　　b)目的基因的過表達或者干擾需要時空特異性。

　　3)希望控制目的基因過表達或者干擾的拷貝數，以避免引入人為因素影響實驗結果的精確性。構建穩定株可以幫助篩選拷貝數適量的細胞進行實驗研究。

　　4)部分細胞種類，病毒載體亦無法達到高轉導效率，通過構建穩定株，達到外源片段的高效表達。

　　5)長期在少數幾類細胞中研究幾個基因的功能，通過構建穩定株，可以大大降低頻繁轉染或者病毒包裝的成本，也極大方便實驗研究。

　　6)部分蛋白穩定性*，瞬時RNA干擾因為作用周期短，只能抑制目的基因的表達，但無法去除已經表達的目的蛋白，所以需要通過構建穩定株實現更好的基因干擾效果。

　　7)需要往動物體內注射表達有外源片段的細胞。需要構建穩定細胞株，以防止注射入動物體內后，很快外源片段表達丟失。

　　8)細胞個體差異(同一類細胞，不同個體細胞基因組存在差異)對實驗結果有干擾，需要構建單克隆細胞株去除干擾。

　　9)需要將外源片段插入基因組中，比如基因敲除，基因插入突變篩選等修飾基因組的實驗。